SARSの伝播 | 遼寧クライオバイアルズ株式会社

Nature Communications volume 14、記事番号: 4078 (2023) この記事を引用

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メトリクスの詳細

SARS-CoV-2 は、人と動物の間で双方向感染が記録されている人獣共通感染症ウイルスです。ヒトから放し飼いのオジロジカ (Odocoileus virginianus) への SARS-CoV-2 の伝播は、変異株が存続し進化する可能性のある保有地が確立される可能性があるため、特有の公衆衛生上のリスクを引き起こします。私たちは、2021年11月から2022年4月にかけて、ワシントンDCと米国の26州で放し飼いのオジロジカから8,830個の呼吸器サンプルを収集しました。391個の配列を取得し、アルファ、ガンマ、デルタ、オミクロンを含む34のパンゴ系統を特定しました。亜種。進化分析によると、これらのオジロジカウイルスは少なくとも109件のヒトからの独立した波及に由来しており、その結果、その後の地域でのシカからシカへの感染が39件、オジロジカからヒトへの波及の可能性が3件あったことが示された。ウイルスは、スパイクやその他のタンパク質のアミノ酸置換を繰り返すことでオジロジカに繰り返し適応しました。全体として、我々の調査結果は、複数の SARS-CoV-2 系統が導入され、動物感染し、オジロジカに共循環したことを示唆しています。

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス-2（SARS-CoV-2）は、重症急性呼吸器症候群コロナウイルスや中東呼吸器症候群コロナウイルス2など、影響の大きい他のコロナウイルスと同様の人獣共通感染症ウイルス1です。 2019 年の出現以来、SARS-CoV-2 は急速に進化し、懸念変異体 (VOC) のアルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、オミクロン 3 を含む多数の SARS-CoV-2 遺伝子変異体を生み出しました。ヒトに加えて、SARS-CoV-2感染は、シカ4、ミンク5、6、7、ラット8、カワウソ、フェレット、ハムスター、ゴリラ、ネコなど、飼育下の幅広い野生動物、家畜動物、外来動物で報告されている。、犬、ライオン、トラ9．さらに、動物からヒトへの SARS-CoV-2 感染は、一般的ではありませんが、養殖ミンク (Neogale vison)5、6、イエネコ (Felis catus)10、およびオジロジカ (Odocoileus virginianus) で記録されているか、または疑われています。 11では、二次的な人獣共通感染症の潜在的な保因者として動物を強調しています。 SARS-CoV-2 の動物保有者とは、ウイルスが密かに循環して集団内に存続し、他の動物や人間に感染して病気の発生を引き起こす可能性がある宿主を指します。

オジロジカは北米の都市部と農村部の両方でよく見られ、推定生息数は 3,000 万頭で、米国全土に分布しています。ダマスら。 (2020) は、ヒトとオジロジカのアンジオテンシン変換酵素 2 (ACE2) タンパク質間の高度な配列同一性を示し 12、実験的感染研究は、(武漢-Hu-1 株) 様 SARS-CoV-2 ウイルスが、オジロジカに容易に感染し、大量のウイルス排出を引き起こし、未感染の同種にさらに広がります13、14、15。チャンドラーら。米国の 4 つの州では、2020 年 1 月にはすでに検査が行われたオジロジカの 40% が SARS-CoV-2 に曝露され始めたと推定されています16。その後、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）検出によって証明されるように、米国（オハイオ州4、アイオワ州17、ペンシルバニア州18、ニューヨーク州19）およびオンタリオ州のオジロジカで活動性SARS-CoV-2感染が報告された。、カナダ11．これまでにオジロジカで報告されているウイルスは遺伝的に多様であり、アイオワ州のパンゴ系統 20 B.1.2 および B.1.311 (サンプリング期間、2020 年 4 月から 2021 年 1 月) 17、B.1.2、B.1.582、B.1.596 が含まれます。オハイオ州 (2021 年 1 月から 3 月)4、B.1.1.7 (アルファ)、AY.88 (デルタ)、AY.5 (デルタ)、およびペンシルベニア州の AY.103 (デルタ) (2021 年 1 月から 11 月)18、B .1、B.1.1、B.1.2、B.1.243、B.1.409、B.1.507、B.1.517、B.1.1.7 (アルファ)、B.1.1.28 (ガンマ)、P.1 (ガンマ) ）、ニューヨークでは B.1.617.2（デルタ）（2020 年 9 月から 2021 年 12 月）19、オンタリオでは B.1.641（2021 年 12 月）（2021 年 11 月から 12 月）11。興味深いことに、これらのオジロジカウイルスの大部分は、人間の中で同時に流行していたウイルスと遺伝的に関連していました。 2 つの異なる日に同じ場所または近くの場所で捕獲された複数の動物から遺伝的に非常に類似したウイルスが同定されたことは、SARS-CoV-2 がオジロジカ集団内で伝播した可能性が高いことを示唆しました 4, 19。 SARS-CoV-伝播の可能性に関する疫学的証拠カナダではオジロジカから人々への感染例が2件報告されています11。

50% (Supplementary Data 1). Overall, 282 samples had high sequencing coverage (i.e., >95% of the reference genome) and were selected for further evolutionary analyses./p>

95% of the reference genome (n = 282), an IRMA score of 95%, were selected for further evolutionary analyses./p>0.7, as well as geographically nearby counties. Different statistical support levels were defined as follows: 3 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 10 indicates support; 10 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 100 indicates strong support; 100 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 1000 indicates very strong support; and Bayes factor \(\ge\) 1000 indicates decisive support./p>99% coverage) and were included in the evolutionary analyses along with the white-tailed deer SARS-CoV-2 samples collected in this study. The timescale of the phylogenetic tree was represented in units of years, and the scale bar indicates the divergence time in years./p>

0.7 for the human-deer branch; and 4) the nucleotide sequence identities between the human precursor sequence and the white-tailed deer SARS-CoV sequence was ≥99.85%./p> 0.7 for the human-deer branch; and 4) the nucleotide sequence identities between the human precursor SARS-CoV sequence and at least one of the white-tailed deer SARS-CoV sequences ≥99.85%./p> 0.7 for both human1-the deer branch and the deer-human2 subbranch; 4) the nucleotide sequence identity between human1 and at least one of white-tailed deer SARS-CoV-2, and that between human2 and at least one of white-tailed deer SARS-CoV-2 was ≥99.85%./p>0.9 to be significant, indicating either positive selection (prob(α < β)) or negative selection (prob(α > β))61./p>99% coverage) and were included in the evolutionary analyses along with the white-tailed deer SARS-CoV-2 samples collected in this study. All these publicly available sequences and associated metadata used in this dataset are published in GISAID’s EpiCoV database and NCBI SARS-CoV-2 Resources./p>